Februari 1995, nummer 22

Inhoudsopgave


VMS ruimte vrijmaken

Geleidelijk aan begint bij ons de behoefte te groeien om de VMS schijven voor andere, meer urgente doeleinden te gaan gebruiken. Wij zouden dan ook graag zien dat eenieder uitzoekt welke files van de nog onverdeelde VMS boedel waarde hebben voor de toekomst, en deze copieert naar het Unix gedeelte, zijn eigen harde schijf of welk medium dan ook. Het restant zullen wij dan aan een kritisch onderzoek onderwerpen en opschonen. Bepaalde specifieke VMS files zullen uiteraard gehandhaafd blijven, zoals de ORAC data sets, recente CSD fdat files, etc. Alle oude tot zeer oude files, in directories die in geen tijden bezocht zijn, gaan dan nog n keer op tape en de kast in.
Op deze wijze hopen we schijfruimte vrij te maken die ingezet kan worden in de snel expanderende Unix omgeving.

Het copieren van files via het menu

Daar de interactieve toegang tot het VMS systeem afgesneden is, zal het overhalen van files via het menu moeten geschieden. Kies in het hoofdmenu Utilities, dan Get Files from the VAX/VMS system, en selecteer de gewenste directory op de VAX: de home directory (eerste item in rechter menu) of een andere (tweede item). Vervolgens zijn er twee methoden:

Get file from.... is vooral bedoeld voor incidentele files. De filenamen worden geselecteerd in de lijst links onderin het menu.

Get a bulk of files.. gebruikt ftp, waarbij de directories aan beide zijden aangepast kunnen worden en wildcards toegestaan zijn. Dus bijv. alle .seq files worden geselecteerd met *.seq. Verdere instructies staan in het menu venster.

Promotie

In de namenlijst van het Center, opgenomen in de vorige Verbinding, ontbreekt de naam van Jan Willem Boiten, tegen de tijd dat u dit leest Dr. J.W. Boiten.
Voor hem (zijn werk eigenlijk) wat extra aandacht; zoveel promoties vinden er bij het Center nu ook weer niet plaats. Zijn contract met het Center liep per 1 januari af, zodat hij zich kan voorbereiden op de verdediging (24 februari) van zijn proefschrift: Computer Methods in Organic Synthesis Design; new and improved algorithms for data conversion, synthesis planning, and 3D perception.
Een boekje in de computerondersteunde synthese, dus naast algoritme-ontwikkeling is er ook veel chemie in te vinden. Daarnaast veel 'data' natuurlijk, met een up to date overzicht van de tools die de organicus ter beschikking staan.

Het onderdeel data conversie is het minst 'chemisch', maar het heeft voor het Center wel directe praktische toepassing gehad. Het behandelt methoden om vanuit REACCS databases hoogwaardige ORAC bestanden te creeren, met een minimaal verlies aan nuttige informatie. De 'echte' organische chemie komt aan bod in een hoofdstuk over synthese planning op het gebied van de steroid synthese. De prestaties van LHASA zijn onderzocht aan de hand van een bekend probleem, het desogestrel molecuul. Deze evaluatie van LHASA gaf aanleiding tot de ontwikkeling van een nieuw module voor 'rits- sluiting'-achtige reacties, de polyeen cyclisaties.

2D - 3D
Synthese planning met LHASA is lange tijd een proces in het platte vlak geweest. Daarin is enige jaren geleden verandering gekomen met de introductie van een eerste 3D model builder, een module dat de platte tekeningen moet omzetten in 3D structuren. De 3D perceptie component van het proefschrift beschrijft hoe dit prototype praktisch ingezet kan worden bij het inschatten van stereoselectiviteit. De eerste aandacht is uitgegaan naar het testen en verbeteren van de 3D builder zelf. Hoewel hierin enkele belangrijke stappen gezet zijn, is er nog een lang traject af te leggen voordat de vereiste betrouwbaarheid bereikt is.

Als modelreactie voor de perceptie van stereoselectiviteit is de hydride reductie van ketonen gebruikt. Het gaat om een samenspel van sterische factoren en een electronisch effect, waarvan de exacte aard nog steeds aanleiding geeft tot een heftig debat in de literatuur. Er wordt echter aangetoond dat simpele modellen die het electronische effect simuleren voorspellingen doen die voldoende betrouwbaar zijn voor implementatie in LHASA.


WWW conference voor organici

In het najaar van 1994 vond de eerste electronische 'computational chemistry' conferentie (ECCC) plaats, waarbij gebruik werd gemaakt van presentaties in de vorm van html documenten. Dat zijn de WorldWideWeb pagina's die u leest met browsers als Mosaic en Netscape. Zo'n conferentie combineert het beste van twee werelden: electronisch, dus je kunt het in je eigen tempo bekijken en hoeft er niet voor naar de andere kant van de wereld; html geeft de mogelijkheid de 'poster' te voorzien van hypertext verwijzingen naar extra plaatjes of referenties, van 'clickable' diagrammen of reactieschema's, links naar filmpjes, geluid, etc. Voor deze zomer staat de organische versie op het programma. Omdat de doelgroep wat minder prominent op het net aanwezig is dan de rekenaars, hebben we de aankondiging hier opgenomen.

The first Electronic conference for discussing Trends in Organic Chemistry will be held during 12-23 June 1995 on the Global Internet using electronic mail and the World-Wide Web as delivery mechanisms, and organised under the guidance of an international scientific committee.
This pioneering forum offers a novel, low cost and near-instant mechanism for discussing chemistry, with features such as full colour structure diagrams, "clickable" reaction schemes, rotatable 3D molecular images, key-word searches of conference proceedings, and access to a conference "molecular hyper-glossary". See issue 3, 1995 of Chemical Communications for further details and J. H. Krieger and D. L. Illman, Chem. & Eng. News, 1994 (December 12), 29 for details of the previous ECCC conference organised along similar lines. Contributions will take the form of a number of invited Keynote papers, together with submitted papers, conference posters, and electronic mail discussions, in all areas of contemporary organic chemistry, including synthesis, structure, mechanism, physical organic, new materials, bio-organic and computational studies. Papers and posters will be subjected to the peer review process and we expect will be published on a conference CD-ROM which will be abstracted by Chemical Abstracts.

The deadline for submission of abstracts of papers or posters is April 28, 1995. Conference information and details of how to submit contributions are available by the following mechanisms;

  1. Sending an electronic mail to listserver@ic.ac.uk with the single line message; info ectoc
  2. Connecting to the following World-Wide Web location using a browser such as Mosaic or Netscape; http://www.ch.ic.ac.uk/ectoc/
  3. By anonymous ftp file transfer of the file ectoc.txt in the directory pub on the server ftp.ch.ic.ac.uk

Oxford Molecular Ltd software

De programma's die beschikbaar zijn onder het ASSIST pakket van Oxford Molecular Ltd. zijn met de December 1994 release ge-update. Met name Abm (Immunoglobulin domain modelling software), ASP (automated similarity pakket gebaseerd op electrostatics), CAMELEON (sequentie analyse) en IDITIS (protein database en zoek software) zijn ge-update. Een nieuwe loot aan de OML boom is VAMP. Oorspronkelijk is VAMP ontwikkeld als een gevectoriseerde versie van AMPAC aan de Universiteit van Erlangen-Nurnberg. Het is daarna snel uitgegroeid tot een on- afhankelijk programma. Het is vrijwel geheel input-compatibel met AMPAC en MOPAC, maar de quantum mechanische basis routines zijn wezenlijk anders. Sinds 1983 heeft de groep van Dr. Tim Clark VAMP ontwikkeld, o.a. in samenwerking met Dr. Chandrasekhar en Dr. Rauhut. Speciale routines voor bijvoorbeeld CI berekeningen, NAO-PC (natural atomic orbital point charge) (J.Comp.Chem.1993, 14, 503) modellen en oplosmiddel simulaties (zie hiernaast) zijn hieruit voortgekomen. De NAO-PC atoom multipolen dienen ook als input voor een C13 chemical shift berekening, gebaseerd op een neuraal netwerk.

Een andere optie die we kennen uit de moleculaire mechanica wereld, het afzoeken van de conformatie ruimte, is ook in VAMP opgenomen. Maximaal 10 torsiehoeken kunnen in stapjes gevarieerd worden, met elke conformatie als startpunt voor een minimalisatie. In verband met de hiervoor benodigde tijd lijkt 10 wat veel; in de praktijk zal men met twee of drie kunnen volstaan.

Interfaces voor VAMP zijn andere OML programma's zoals TSAR (QSARs) en ASP (vide supra), maar ook een SYBYL interface voor het bekijken van de resultaten is al aanwezig. Verder interfacing vanuit SYBYL, voor wat betreft de input, en MOLDEN voor zowel input als output worden momenteel ontwikkeld. Het is de bedoeling dat VAMP Versie 5.5 als batch programma beschikbaar komt. Een aantal opmerkelijke verschillen met MOPAC is reeds gesignaleerd en in een volgend issue van de Verbinding komen we daar op terug.

In computro oplossingen

Een terzijde over oplosmiddel-effecten binnen de semi-empirische methoden

Dit onderdeel lijkt een interessante ontwikkeling door te maken, die samenvalt met de groeiende belangstelling voor transition state modelling. Op zowel het MOPAC, AMPAC als VAMP front worden methoden bedacht om het oplosmiddel-effect in rekening te brengen. Daarmee worden zowel de vormingswarmte als de solvatatie energie uitgerekend. Lezers die in deze hoek werkzaam zijn zouden eens een vergelijkend onderzoek moeten uitvoeren.

MOPAC maakt gebruik van het Conductor-like Screening Model (COSMO, Andreas Klamt, Perkin Transactions 1993, 799). Op Van der Waals afstand van het deeltje worden 32 (default, aan te passen met NSPA=n) punten op een oppervlak geconstrueerd. De interactie energie met deze segmentjes wordt uitgerekend met als correctie factor (via het EPS=nn keyword) de dielectrische constante van het oplosmiddel. Men wordt wel verondersteld dit soort rekenwerk via de POWER queue uit te voeren.

Het algoritme in VAMP past de punten op het oppervlak en de ladingsverdeling van het molecuul wederzijds aan, tot een Self-Consistent Reaction Field (G. Rauhut en T. Clark, J..Am. Chem.Soc. 1993, 115, 9174) ontstaat. Daar VAMP het oplosmiddel expliciet betrekt in de berekening, heeft het geen keyword als EPS, maar aanduidingen voor de individuele oplosmiddelen hexaan, hexadecaan, tetrachloorkoolstof, benzeen, diethyl ether, chloroform, methyleen chloride, aceton, ethanol, methanol, acetonitril, dimethyl sulfoxide, water, pyridine en nitrobenzeen.

AMPAC (niet in ons pakket beschikbaar, het Center heeft wel een single-user licentie) bevat het solvatatie model AMSOL van Cramer en Trular (J.Am.Chem.Soc. 1991, 113, 8305, 8552, 9901), waarin (volgens de handleiding) alle bovengenoemde bijdragen empirisch verdisconteerd zijn. Een vergelijking, niet alleen op numerieke antwoorden, maar ook qua snelheid, zou dus interessant zijn.


GDB & OMIM Services back on-line!

The CAOS/CAMM Center GDB and OMIM services are now back and fully operational, as of Feb. 2. We apologise for any inconvenience this absence may have caused you. Our Genomics Package was interrupted during our relocation to new facilities in early January, and suffered from a series of subsequent hard disk failures.
In re-implementing the GDB and OMIM services, we have used new (or newer) equipment and redesigned the storage of the data; this new configuration should provide a service that is faster AND more reliable. And, as before, updated each day to be current with the information held in GDB Baltimore.

World Wide Web Tutorial!

The GDB and OMIM General User course we offer here at the CAOS/CAMM Center is now available via the World Wide Web. If you have a WWW Browsing tool, like NCSA Mosaic, Netscape or MacWeb, connect to URL:
http://www.caos.kun.nl/genomics/GDB_OMIM_TOC.html
and try it out!
The tutorial is meant to be used INTERACTIVELY; you may login to the CAOS/CAMM Center and run a GDB/OMIM session while reading the tutorial pages. As you follow the instructions and examples of the tutorial, you should learn the basics of using GDB and OMIM, as well as a few subtleties that may help you use these databases more effectively.

cc_news genomics

Please read the notices entered into cc_news genomics. We try to put information of relevance to users here, both specific to the CAOS/CAMM Center, and of a more general nature, such as announcements and postings to the various bionet newsgroups.

If you have anything you would like to broadcast to the genetics community, tell us about it! We'd be delighted to help you find the proper channels to your colleagues, known and unknown.

MultiMap Availability

We have had two requests for the chromosome mapping programme, MultiMap, to be made available to subscribers of the Genomics services. We have investigated the package and assembled the components required to get it running; you may expect it to be working by the middle of February, as well as an on-line (WWW version) tutorial, by early March.
Editor: Hens Borkent; WebMaster: Jack Leunissen